В понятии субстанции материя отражена уже не в аспекте ее абстрактной противоположности сознанию (мышлению), а со стороны внутреннего единства всех форм ее движения, всех имманентных ей различий и противоположностей, включая сюда и гносеологическую противоположность «мыслящей» и «немыслящей» материи. В понятии материи как субстанции гносеологическая противоположность фиксирована как лишь одна из бесконечно многообразных противоположностей, как лишь одна из фаз «саморазличения», «саморазвития» объективной реальности. Понимание материи как субстанции как раз и связано с требованием понять («вывести») сознание во всех его формах из движения материи, сознанием не обладающей, — понять противоположность материи и сознания (мышления) как лишь относительную противоположность, а не как абсолютную и исходную, каковой она выступает лишь в пределах основного гносеологического вопроса, лишь в рамках гносеологии как особой науки. Категория субстанции, будучи категорией гносеологии (логики), выражает внутри самой гносеологии аспект ограниченности ее специальных понятий — границу их абсолютного значения и применимости. В категории субстанции само мышление (сознание) представляется как один из ее атрибутов, генетически связанный со всеми другими атрибутами и их предполагающий. Материя же как субстанция рассматривается как материя, мыслящая в лице человека «сама себя», а не что-либо «другое». С этим связано и определение сознания как «осознанного бытия», т. е. определение «бытия» как реального субъекта сознания, а сознания — как «предиката», как способа его существования.

Ленин специально подчеркивал относительность и недостаточность одного лишь «гносеологического» определения материи и рекомендовал: «С одной стороны надо углубить познание материи до познания (до понятия) субстанции, чтобы найти причины явлений. С другой стороны, действительное познание причины есть углубление познания от внешности явлений к субстанции»