Поэтому понятие субстанции в его спинозистском понимании сразу же стало главной мишенью атак со стороны теологии, паразитировавшей, в частности, на ограниченности естественнонаучного мышления эпохи и соответствовавшей его уровню философии английского эмпиризма. Так, Дж. Беркли, опровергая понятие «телесной субстанции», в котором он видит «краеугольный камень атеизма», прямо опирается в своих аргументах на теорию познания Локка, установившего, что понятие субстанции эмпирически-индуктивному обоснованию принципиально не поддается: «…Та наша идея, которой мы даем общее имя “субстанций”, есть не что иное, как предполагаемая, но неизвестная подпорка тех качеств, которые мы находим существующими», и поэтому «нет ясной идеи субстанции вообще»

Эта потребность, хотя и в непоследовательной форме, была удовлетворена немецкой классической философией. Кант возвращает понятию субстанции значение важнейшей логической категории научного мышления, толкуя ее, однако, чисто субъективно как априорную форму мышления, осуществляющего синтез явлений, данных в «опыте». Субстанция определяется Кантом как «…то постоянное, лишь в отношении с которым можно определить все временные отношения явлений…»

Развивая диалектический («парадоксальный») момент кантовского определения субстанции, Гегель определяет субстанцию как «…целостность акциденций, в которых она открывается как их абсолютная отрицательность, т. е. как абсолютная мощь и вместе с тем как богатство всякого содержания»

Философия диалектического материализма, усматривая универсальное единство мира «в его материальности», критически переосмысливает гегелевское понимание субстанции. Сохраняя за нею значение «важнейшей ступени развития идеи», т. е. человеческого познания (мышления), диалектический материализм рассматривает ее как одно из универсально-логических определений материи.